Posts Tagged ‘microbiome’

En parler toujours !

mercredi, novembre 4th, 2015

exposicion-2-800-186En parler toujours sans en parler jamais assez (ni de trop!), tel pourrait aussi être un titre “accroche-lecteur” de cette revue entièrement consacrée au problème de l’obésité (The Obesity Issue, Volume 29 Issue 11 | November 2015) où l’on voit qu’il est insuffisant de s’arrêter aux simples effets délétères de l’obésité. Il faut aller plus loin en insistant sur la complexité du sujet car les facteurs sont multiples de telle sorte que déméler ce qui appartient à l’individu lui-même de ce qui appartient à l’environnement s’annonce comme un véritable casse-tête. C’est d’abord une introduction en forme de problématique, (Weight’s the Matter?, (http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/44291/title/Weight-s-the-Matter-/), à laquelle viennent, opportunément, s’ajouter quelques développements pour aider à la compréhension à moins que ce ne soit pour ajouter à la confusion  : microbiome (Microbesity, http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/44300/title/Microbesity/), régime et insulino résistance (The 6,000-Calorie Diet, http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/44302/title/The-6-000-Calorie-Diet/), obésité et cancer (Breaking the Cancer-Obesity Link, http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/44280/title/Breaking-the-Cancer-Obesity-Link/), environnement obésogène (Obesogens, http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/44278/title/Obesogens/), obésité et cerveau   (Appetite, Obesity, and the Brain, http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/44392/title/Appetite–Obesity–and-the-Brain/). Mais tout n’est pas si simple puisqu’il semble bien que ce schéma ne soit pas celui de quelques autres , anormal, vous avez dit anormal ?  (A Weighty Anomaly, http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/44304/title/A-Weighty-Anomaly/). Quant à l’adipocyte c’est un monde en soi  qui requiert ses propres publications ! Ainsi les fils s’entremêlent-ils, non pour la confusion mais pour le plus grand plaisir de ceux  qui cherchent parce qu’ils aiment par dessus tout  répéter que “si rien n’est simple, c’est parce que tout est compliqué ! “

Ecosystème humain

lundi, septembre 21st, 2015

ego-natureL’écosystème est un sujet dont il est largement question depuis Sir Arthur George Tansley, botaniste britannique (1871-1955) qui crée le terme. Le microbiome est un sujet dont il est largement question depuis plus longtemps que l’on croit, puisque le microbiote auquel il se réfère est la vision élargie d’un monde ancien connu sous le nom de microflore (exemple la microflore intestinale). Il aurait été anormal que l’un ne fasse pas partie de l’autre et peut-être plus anormal encore que l’homme n’y soit pas impliqué. Heureusement ce n’est pas le cas : il existe bien un écosystème humain dont fait partie un microbiome ubiquitaire dont l’espace ne cesse de s’étendre. Ce dont il est question dans l’article Skin Microbes Help Clear Infection (http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/44001/title/Skin-Microbes-Help-Clear-Infection/) est particulièrement intéressant dans la mesure où il est question du microbiome cutané humain qui non seulement serait l’équivalent d’une signature (à l’instar des empreintes digitales) mais encore qui conforte l’idée ancienne d’une barrière de protection, qui de passive est à l’évidence a tous les caractères d’une barrière active. A partir d’une étude, qui quoi qu’on en dise, reste ethiquement discutable, le microbiome cutané se révèle, en fonction de l’individu, plus ou moins efficace dans la résolution de l’infection inoculée. Mais c’est cette constation en elle-même qui pose la vraie question : la place exacte du microbiome cutané (dans le cas présent) dans la gestion de l’infection par l’organisme. Et d’une façon plus générale, comment doit-on envisager la place de l’écosystème humain dans l’équilibre de la communauté des êtres vivants ?

Elucubration ?

mardi, juin 23rd, 2015

LienSi  le chanteur Antoine les a mises en musique jusqu’où peuvent aller les élucubrations de certains chercheurs/scientifiques ? Suffit-il de faire des constatations à un instant t, à propos d’une population puis de les plaquer sur  une conduite sociétale de la dite population pour en tirer des informations d’ordre téléologique ? L’obsession explicative n’autorise pas tous les débordements. Des vérifications sont nécessaires et Popper n’avait pas nécessairement tort quand il traitait de la connaissance objective : la meilleure des théories est celle qui à la fois est “ … la mieux testable et la mieux testée…” ce qui ressemble fort au sentiment de Poincaré selon qui “… toute explication invérifiable est par la même irréfutable …”. Pour en débattre il n’est pas inutile de lire l’article Touchy Feely (http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/43014/title/Touchy-Feely/) que l’on pourrait résumer par : le microbiome fait la société d’où on pourrait en tirer le concept de microbiome sociétal ! Et pour aller toujours plus loin, pourquoi ne pas en tirer la conclusion que les contacts physiques entre individus ont pour rôle de structurer la société sur la base d’un échange de germes ! La prochaine étape devrait logiquement être de rechercher quelle est la démarche qui sous tend cet échange. En d’autres termes, il ne reste plus qu’à savoir pourquoi vouloir échanger son microbiome avec tel individu !

Sur le bout des doigts

dimanche, mai 17th, 2015

photo-3-copie4-522x522Rien n’est définitivement acquis c’est un peu ce dont traite un nouvel article à propos d’une définition possible de la singularité (Microbiome Fingerprints, http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/42950/title/Microbiome-Fingerprints/). Le dactylogramme, science vieille déjà de plusieurs millénaires  a servi d’autres desseins que celui d’identifier des coupables alors même qu’elle servait bel et bien de signature depuis longtemps et il est étonnant, dans ces conditions, qu’il ait failli attendre le XIX° siècle (Edward Henry à Scotland Yard, Alfred Bertillon à la police judiciaire) pour en faire une preuve supplémentaire dans le domaine de l’anthropométrie. Aujourd’hui, il semble que celui des attributs qui sortira vainqueur pour identifier un individu se déplace vers une récente entité appelée microbiome. Une fois encore, le concept fait référence à une ancienne notion, celle de flore microbienne d’abord intestinale et vaginale, puis progressivement étendue  au delà (oropharynx, peau, œil, placenta …). Cette flore faisait elle-même référence à une autre notion, celle de communauté symbiote, reposant essentiellement sur  la notion qu’il s’agit d’une association restreinte aux partenariats à bénéfice mutuel. A  l’homme postmoderne dont l’identité se fragilise vient s’opposer un individu plus stable, mieux défini. On pourrait y voir l’affrontement entre l’homme tel qu’il serait vu par la philosophie d’aujourd’hui (et de certains ..) et l’homme tel qu’il est vu dans sa réalité biologique, la génomique lui permettant de se réapproprier une stabilité qu’il aurait perdue. S’il ne faut pas accepter comme vérité première l’avenir comme synonyme de progrès, on ne peut pour autant pas dénier l’apport du progrès dans la vision de l’homme. Comme quoi, il convient encore et toujours de ‘”ne pas jeter le bébé avec l’eau du bain”, soit encore de savoir (comme on le disait avant)  “séparer le bon grain de l’ivraie” !

 

Vrais ou faux amis ?

dimanche, août 10th, 2014

imageLa thèse du DR Louis Ferdinand Destouches sous le titre “La Vie et l’Œuvre de Philippe Ignace Semmelweis”  avait pour sujet les efforts menés par un médecin accoucheur sur des précautions, peu suivies à l’époque, qu’auraient dû adopter les étudiants en médecine lorsqu’ils examinaient les femmes enceintes. Les constations étaient sans équivoques : mains sales et infections puerpérales, mains propres diminution significatives des dites infections. Pasteur exposait en 1861 ses réflexions réfutant la théorie de la génération spontanée et validait ainsi les travaux expérimentaux de Semmelweis datant de 1847. Les germes actuels n’ont pas tous aussi mauvaise réputation. Ils habitent tous les tissus de l’organisme humain, vivant avec lui, réalisant probablement un moyen de reconnaissance  d’un autre type que les empreintes digitales auxquelles Alphonse Bertillon s’est tardivement rallié. Aujourd’hui le microbiome humain (http://sm.labx.com/track?type=click&enid=ZWFzPTEmbWFpbGluZ2lkPTE5NjEwMiZtZXNzYWdlaWQ9MTM0NzAwJmRhdGFiYXNlaWQ9NTA3MDEmc2VyaWFsPTE2NzkzNDExJmVtYWlsaWQ9bWljaGVsZWt1amFzQGdtYWlsLmNvbSZ1c2VyaWQ9MV8yNzgyMyZ0YXJnZXRpZD0mZmw9JmV4dHJhPU11bHRpdmFyaWF0ZUlkPSYmJg==&&&2018&&&http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/40600/title/The-Body-s-Ecosystem/) est en pleine expansion. On n’en finit pas de trouver de nouveaux commensaux, saprophytes et autres parasites avec lequel chaque individu doit compter. Encore une preuve que l’anthropocentrisme était une énorme erreur, c’est que l’homme au sein de la nature est un écosystème à lui tout seul. Que ceux qui se réclament du titre d’écologiste sauveur de la nature ne l’oublient pas ! S’il n’est pas sans danger de modifier les écosystèmes naturels il n’est pas non plus sans danger de modifier son microbiome personnel !

Et un raton laveur !

samedi, mars 31st, 2012

Le microbiome fait-il partie de l’environnement ou doit-il être compris comme faisant partie de l’homme (Who Are We Really? |http://the-scientist.com/2012/03/01/who-are-we-really/) ? Vaste et troublante question puisqu’elle sous tendrait une approche tout à fait nouvelle de l’humain. Mais qu’est-ce que le “microbiome”. Il s’agit d’un concept récent venu des USA où le NIH a éloboré un projet scientifique destiné à recenser l’ensemble des génes et génomes vivant chez  tout être, des commensaux qui ne seraient plus nos commensaux ! Ainsi en Mars 2012, se tenait sous l’égide de l’Unesco, un congrès sur ce sujet. Pourquoi une nouvelle définition de l’homme qui viendrait s’ajouter à toutes les définitions précédentes ? Toute manipulation introduisant, de façon durable une modification du patrimoine génétique est interdite au nom de l’éthique. Si le microbiome fait partie de l’homme, alors toute manipulation à son égard peut rentrer dans le cadre de la manipulation génétique et ce d’autant plus que l’on ne possède aucune information sur le devenir de cette modification. Vient s’ajouter le concept de signature individuelle, un peu comparable aux empreintes digitales : les communeautés bactériennes cutanées pourraient être spécifiques d’un individu (Forensic identification using skin bacterial communities, http://www.pnas.org/content/early/2010/03/01/1000162107.full.pdf+html). Comme d’un autre côté, des modifications ciblées de ce même microbiome pourraient à terme  être bénéfiques à la santé, on aurait envie que notre microbiome ne fasse pas partie de nous ! Est-ce l’impasse, l’aporie des philosophes ? En tout cas, il convient de répéter que poser une question ne signifie pas qu’on en ait nécessairement la réponse !