Archive for the ‘Non classé’ Category

Transfert de gène

lundi, mars 29th, 2021
Transferts horizontaux de gènes et arbres phylogénétiques - SVT Lyon

A l’heure où celui qui ne sait pas, s’inquiète qu’un vaccin a été construit en utilisant un ARN messager (et s’il avait l’idée absurde de s’incorporer au génome du receveur !), la nature nous montre qu’il existe des transferts d’un type particulier mais peut-être pas si inhabituel (Gene transfer from plant to insect). Bien sûr dans le cas présent, ne sont en présence qu’une plante et un insecte, et l’homme n’y apparaît pas. L’affaire a du se dérouler il y a quelques millions d’années et il semble bien qu’elle ne soit pas si banale que l’on pourrait le croire. Si l’homme peut tirer profit de ce rapt pour lutter efficacement contre les effets néfastes de certains insectes, il n’en est pas l’auteur et restent les questions du pourquoi et du comment. Pour le comment, interviendrait un intermédiaire peut-être de nature virale ? Pour le pourquoi, ce gène incorporé au génome du dit insecte lui permet de résister aux toxines de la plante incriminée. En fait ce que l’on nomme transfert horizontal de gènes est connu depuis environ cinquante ans et s’avère être un processus important de l’évolution (https://www.medecinesciences.org/en/articles/medsci/full_html/2012/09/medsci2012288-9p695/medsci2012288-9p695.html). Il s’étend en effet à de nombreux règnes du vivant et finalement l’homme en fait bien partie : on estime qu’environ deux cent gènes seraient redevables à ce processus d’être inclus dans le génome humain. Quelles sont les conséquences de ce phénomène ? En premier lieu il est apparu que dans ces conditions, il n’était pas aussi facile d’établir un arbre phylogénétique puisqu’au processus de transfert vertical vient s’ajouter le transfert horizontal, ce qui, conséquence anecdotique, rend plus difficile la mise en évidence des parentés entre des groupes d’êtres vivants. Par contre l’insecte qui est devenu apte à résister au végétal qui lui était toxique ne peut lui, que se féliciter d’une telle aubaine. Par contre si ce même processus est responsable d’une augmentation de la résistance de microorganismes pathogènes chez l’homme, celui-ci n’aura pas lieu de se réjouir. C’est probablement un des facteurs de la résistance à l’antibiothérapie qui s’est progressivement développée. Pour résumer le cas présent : une cause responsable au minimum de trois effets reconnus. D’où la question : comment établit-on une certitude ?

Le marchand de Venise

mercredi, mars 24th, 2021
La nouvelle peau électronique ouvre la voie à de meilleures prothèses

Une livre de chaire, c’était le montant établi par contrat et qu’aurait dû payer Antonio en cas de non remboursement de la dette contractée. De valeur pécuniaire il n’était pas question en 1600 (première édition : The Merchant of Venice in quarto) mais de valeur allégorique. Aujourd’hui c’est la “peau électronique” dont la valeur est inestimable au regard de ses capacités. La peau est reconnue comme un organe exceptionnel de par sa taille, son poids et surtout, la multiplicité de ses fonctions. Tellement nombreuses, qu’elles ne peuvent pas encore être toutes présentes dans cette “e-skin/peau électronique” mise au point depuis 2008. Ce revêtement d’un type particulier qui se présente comme une réelle interface électronique, possède déjà plusieurs fonctions , mais ses applications ne sont pas encore toutes exploitées. On cherche depuis longtemps déjà à réaliser un modèle de peau artificielle, mais dans le cas présent il s’agit d’un équivalent d’épiderme, la partie la plus superficielle du revêtement cutané, riche en terminaisons nerveuses ainsi qu’en de véritables petits organes de la sensibilité. La question est de savoir comment loger des capteurs thermiques ou autres (https://fre.kyhistotechs.com/sensor-array-using-multi-functional-field-effect-transistors-with-ultrahigh-sensitivity-28687448) dans un matériau qui subit des déformations incessantes. C’est donc le support en lui-même qui doit être d’une sophistication extrême et c’est ce qui a été réalisé : un circuit flexible imprimé sur la peau (Flexible circuits inspired by human skin) ! Au commencement cette flexibilité reposait sur des molécules ou des polymères flexibles à base de carbone qui conduisent l’électricité et sont utilisés dans d’autres domaines comme celui de la bio électronique. Si cette “e-skin” se révèle déjà aussi efficace mais aussi si prometteuse, c’est que nombreux sont ceux qui venus d’horizons différents se sont attelés à une tâche commune, reproduire ce que la nature sait faire mais en transformant ces capacités en données accessibles. Reste à ne pas dévoyer les informations : ce n’est pas la technique qui est en cause, c’est l’utilisation que l’homme en fait.

Qu’est ce qui est le mieux ?

samedi, mars 20th, 2021
Motivation carotte ou bâton ? - LE MANAGER ETHIQUE

Le bâton ou la carotte, récompense ou punition, l’âne, parait-il, répond de la même façon à l’une ou l’autre de ces deux propositions. Qu’en est-il de l’homme ? C’est la question qu’aimerait résoudre Tali Sharot (To quell fake news, offer ‘carrots’ for truth) et elle préfèrerait nettement que la récompense surpasse la punition en terme d’efficacité. Le domaine choisi par l’auteur de l’article est particulièrement d’actualité, puisqu’il s’agit de s’attaquer aux fausses nouvelles qui ont la fâcheuse tendance à devenir “virales” selon l’expression consacrée actuellement. Expression en réalité assez bien adaptée dans la mesure où la fausse nouvelle se répand dans une temporalité presque réduite à l’instantanéité et que sa capacité à muter rappelle dangereusement celle du virus. Le poids de la fausse nouvelle est par ailleurs d’autant plus important qu’il s’intègre à un biais cognitif : croire sans en débattre toute opinion qui correspond à celle que l’on a déjà . L’idée proposée serait donc de récompenser celui qui propose l’information vérifiée, ce qui suppose une autre vision du temps et une acceptation du débat. Mais le cadre dépasse largement celui que propose l’article puisqu’il s’adresse en réalité à la construction de l’homme moral . L’apprentissage par renforcement positif fut étudié par Burrhus Frederic Skinner qui appartenait au courant “comportementaliste”, courant dont l’importance diminua au fur et à mesure ou le courant cognitif se développait. L’article devient alors plus complexe qu’il n’y paraît dans la mesure où il mélange les deux théories sus citées d’où une fragilisation de l’argumentation proposée !

Souvenirs,souvenirs

lundi, mars 15th, 2021
Guide : installer un SSD dans son PC portable

On n’en finira pas d’explorer cette faculté, non exclusivement humaine, qu’est la mémoire. Neurophysiologistes tout autant que philosophes, aiment à se pencher sur les mystères qui l’entourent parmi lesquels son fonctionnement et ses rôles. Si l’on peut affirmer que sans mémoire, un ordinateur devient plus encombrant qu’utile c’est que cette capacité est un attribut majeur des systèmes d’information. En effet les données qu’on lui a fournies sont non seulement conservées mais accessibles dans un autre temps. Or ces “mémoires” ne sont pas sans rappeler celles du “vivant” : la mémoire vive, qui peut être consultée et modifiée, la mémoire morte qui est stockée et non modifiable. H. Bergson avait exploré cette faculté en différenciant la mémoire-habitude qui n’est pas vécue comme un passé et la mémoire-souvenir qui est un passé-image. Mais il s’agissait là d’une problématique classique, celle du corps et de l’esprit, toujours non résolue. Dans l’article Your brain warps your memories so you can remember them better, la neurophysiologie explore ce qui peut être considéré comme un plus chez l’homme, la possibilité de mieux se souvenir. L’homme sait le faire, sa solution c’est l’exagération, la machine ne le fait pas. Copier la nature a toujours été l’activité principale de l’humanité mais apparemment une fois encore, il convient de préférer l’original à la copie !

L’éthologie cognitive

dimanche, mars 7th, 2021
Homemade Marshmallows Recipe | Ina Garten | Food Network

L’animal-machine de Descartes n’est pas réellement une machine. S’il le compare à la mécanique de l’horloge c’est parce que contrairement à l’homme, il ne possède pas d’âme, mais uniquement un corps. Et si celui ci exprime une réponse à un stimulus extérieur, sa réponse est prévisible et répond à un simple principe de causalité. Depuis Aristote, nombreux furent ceux qui se penchèrent sur le comportement animal : les oies du Capitole firent parler d’elles pour leur capacité à donner l’alerte puis beaucoup plus tard vint Konrad Lorenz qui conceptualisa le principe d’empreinte chez les oisillons. Ainsi l’éthologie gravit-elle progressivement les barreaux de l’échelle de la cognition animale quand il fut montré que certains réussissaient le test du miroir. Aujourd’hui un nouveau pas est franchi avec le test dit du marshmallow que réussit parfaitement la seiche (Cuttlefish show self-control, pass ‘marshmallow test’) ! La signification de cette expérience est lourde d’enseignement car il s’agit ni plus ni moins pour l’animal que de montrer sa “maitrise de soi”. Ce céphalopode a donc intégré un double concept, temps et but : un plus dans le futur par rapport à un moins dans le présent ce qui influe sur l’acte décisionnel ! Peut-on intégrer cette capacité dans le processus d’évolution pour une amélioration de sa survie acquise au cours des siècles et que l’on retrouve chez d’autres espèces. Intelligente, la seiche ? D’autres qualités sont à découvrir pour l’affirmer, mais elle sait se retenir quand il le faut pour son bien.

Pensée venue d’ailleurs

dimanche, février 21st, 2021
Résultat de recherche d'images pour "gène NOVA1"

Après avoir distingué l’homme de Néandertal (nom d’une petite vallée d’Allemagne en Rhénanie-du nord Westphalie, qui par un heureux hasard signifie “vallée de l’homme nouveau”) de l’homo sapiens grâce à ses critères morphologiques, la science s’intéresse aujourd’hui non pas à un contenant osseux celui de l’encéphale mais à son contenu lui-même, en l’occurrence à l’encéphale du dit Néandertal (Neanderthal-like ‘mini-brains’ created in lab with CRISPR). Depuis 2014, on montré qu’un individu pouvait renfermer de un à trois pour cent d’ADN d’origine néandertalienne ainsi les relations entre Sapiens et Néandertal permettent-elles, dans le cas présent, d’étudier un gène particulier le gène NOVA1. Ce dernier codant pour une protéine de liaison à l’ARN spécifique des neurones (au niveau des synapses), les chercheurs ont mis au point des organoïdes cérébraux où l’on a procédé à la réintroduction de la variante archaïque de NOVA1 avec pour résultat une altération du développement par rapport à l’organoïde humain. Il ne faudrait pas pour autant en tirer des conclusions (hatives) sur le cerveau de l’homme de Néandertal dans la mesure où l’organoïde reste peu représentatif de l’organe dans sa totalité ! Or ces minuscules structures au centre de nombreux questionnements, en particulier d’ordre éthique, interrogent sur l’existence “possible” d’une conscience (Can lab-grown brains become conscious? https://media.nature.com/original/magazine-assets/d41586-020-02986-y/d41586-020-02986-y.pdf). Mais faut-il vraiment chercher à savoir ce à quoi pensait l’homme de Néandertal !

Avant, après

mardi, février 16th, 2021
Trilobite

Un article récent Earth’s mountains disappeared for a billion years, and then life stopped evolving met en présence deux constatations : la disparition des montagnes et la vie sur terre, que les scientifiques qualifient de ralentie. La question qui se pose est de savoir s’il faut y voir une conséquence ou une coïncidence et s’il est possible de départager les deux propositions évènementielles quelques milliards d’années après leur survenue. Ce que l’on sait, c’est que s’il existe deux modes de naissance pour les montagnes, tectonique des plaques et activité volcanique (Why don’t mountains grow forever?), celles-ci ne peuvent pas grandir indéfiniment pour cause de gravité terrestre. A partir du moment où leur croissance n’est pas infinie, leur décroissance est nécessairement programmée du fait des processus d’érosion. Avec les montagnes qui grandissent, la croute terrestre est épaisse, l’érosion nourrit la vie, que les montagnes disparaissent et la vie stagne ! Mais ce peut-il vraiment que ce soit aussi simple ? Schématiquement il a fallu un milliard d’années pour que les procaryotes laissent la place aux eucaryotes et encore un milliard d’années pour que ceux-ci laissent la place aux organismes pluricellulaires comme les algues. Alors peut-on vraiment mettre en relation la complexification de la vie avec le cycle des montagnes ?

Des dés pipés

mercredi, février 10th, 2021
Résultat de recherche d'images pour "haplotypie definition"

C’est une course effrénée à laquelle se livrent les spermatozoïdes pour atteindre leur but, la membrane pellucide de l’ovule, contact indispensable à l’initiation de la réaction acrosomique. La question est donc de savoir quel sera l’heureux élu, mais peut-être ne se la posent-ils pas ! Pourtant ce que des études récentes menées sur l’espèce murine (Devious sperm ‘poison’ their rivals, forcing them to swim in circles until they die) viennent de montrer c’est que certains d’entre eux sont à même d’en évincer d’autres ! Ces derniers adoptent un mouvement circulaire “perpétuel” qui les éloignent à tout jamais de leur but. Tout repose sur l’aplotype t : un haplotype est un ensemble de gènes situés côte à côte sur un chromosome. Ils sont généralement transmis ensemble à la génération suivante, et sont dits génétiquement liés. Le dit haplotype t est un distorteur qui favorise l’élimination des spermatozoïdes ne le contenant pas : en génétique, la distorsion de ségrégation méiotique (ou distorsion de ségrégation, ou distorsion méiotique) correspond à la situation lors de laquelle, à l’issue de la méiose, l’un des deux allèles d’un locus d’une cellule hétérozygote a le pouvoir d’être surreprésenté dans les gamètes. Pour faire plus simple, les uns deviendront premiers par empoisonnement des seconds. L’évolution reste bien système régi par le favoritisme !

Des biais pour tous

samedi, février 6th, 2021
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L’étymologie n’en est pas connue avec certitude, mais le terme évoque la notion d’obliquité, la perte d’une direction droite. Ainsi en est-il en couture : pour faire un biais, on doit couper en diagonale ce qui donne de l’élasticité au produit obtenu. En statistique, un biais est une démarche qui introduit une (des) erreur(s) dans le (s) résultat(s)s d’un étude. Quant au biais cognitif (très à la mode) il concerne une déviation de la pensée logique. Quelque soit le sujet auquel on se réfère quand on évoque un biais, on sous-entend une mauvaise direction cause d’une finalité dévoyée. Les études scientifiques ne sont pas exemptes de ce défaut et on insiste sur l’importance des biais de recrutement d’où une altération des résultats avec comme corollaire la possibilité d’un problème éthique sous jacent. Aujourd’hui ce problème éthique est évoqué à propos des études en éthologie animale (ICYMI: STRANGE Framework Addresses Bias in Animal Behavior Research) ayant abouti à la mise en place du cadre STRANGE : Social background; Trappability and self‐selection; Rearing history; Acclimation and habituation; Natural changes in responsiveness; Genetic make‐up; and Experience. Le protocole ainsi défini est particulièrement ambitieux et en complète deux autres qui l’ont précédé : PREPARE et ARRIVE. Tous les amoureux de la nature, augmentés ou faisant partie des amoureux de l’exactitude des protocoles expérimentaux animaliers ne peuvent que se réjouir. Néanmoins on se pose la question suivante : par exemple, comment était-il possible d’ignorer que la capture d’animaux sauvages modifiait leur comportement ? De la même façon, comment était-il possible d’ignorer que le recrutement de sujets exclusivement masculins et caucasiens n’était pas représentatif ? D’où des résultats biaisés dans les deux cas. Quelle signification doit-on attribuer à une si longue “ignorance” ?

Le Doute et l’Incertitude

mardi, janvier 26th, 2021
Citation Jean-Paul Sartre doute : Je préfère le désespoir à l'incertitude ....

Parce que la faillibilité est consubstantielle à la nature humaine, s’il est absolument indispensable de ne pas assimiler doute et incertitude, il est tout aussi indispensable de reconnaître qu’ils sont indissociablement liés. Si le doute est le principe moteur pour Descartes puisqu’il le conduit à la preuve de son existence, l’incertitude est la base de la physique quantique : on ne peut donc leur nier une incontestable valeur même s’il s’agit de deux champs quelque peu éloignés. Aujourd’hui l’humanité confrontée à de nouveaux défis se doit de douter dans ce moment d’incertitude extrême pour faire front et mettre en oeuvre un indispensable acte de résistance (Uncertainty can sharpen our thinking). L’incertitude convoque la réflexion et élargit le champ des investigations, le doute autorise la remise en question : tous deux travaillent de concert. L’épistémologie est la preuve de l’efficacité de cette association mais aussi de son absolue nécessité. Il est à la fois impératif de bannir à jamais la vulgate populaire selon laquelle “Dans le doute abstiens toi” pour faire sienne cette autre “Il faut douter de tout, c’est la seule certitude”.