Posts Tagged ‘génomique’

Le diable se cache dans les détails !

vendredi, juin 23rd, 2017

Pour Raymond Poincaré considéré comme l’un des derniers grands savants universels, la loi scientifique est l’aboutissement du fait scientifique. Celui ci  devient compréhensible grâce au langage que pratique le scientifique, seul intervenant à avoir rendu intelligible un fait brut. Rechercher une loi est l’une des activités favorites de l’homme pour se rassurer par la mise en place d’un cosmos harmonieux, vieille réminiscence de son monde antique. Ainsi en est-il de la recherche de lois qui pourraient être établies entre pathologie et génétique. Parmi les outils techniques récemment mis à disposition on peut aujourd’hui compter sur la génomique dont les champs d’investigation n’en finissent pas de s’étendre, ce qui a permis la mise en place d’un groupe international, l’Etude d’association pangénomique (GWAS, genome-wide association study) dont l’un des buts est la recherche d’association entre génétique et maladies. Et c’est de l’incrémentation ininterrompue de l’échantillonnage que naît la perversion du système. En un mot, trop de données tuent les données (New concerns raised over value of genome-wide disease studies, http://www.nature.com/news/new-concerns-raised-over-value-of-genome-wide-disease-studies-1.22152?spMailingID=54331883&spUserID=MTUyNTcxOTczMTcwS0&spJobID=1183642589&spReportId=MTE4MzY0MjU4OQS2). Comment dégager la variation génétique influente dans un réseau dont tous les facteurs ne sont pas répertoriés ? L’histoire biologique de chaque cellule de chacun des tissus ne peut être suffisamment linéaire pour qu’il se dégage une seule réponse pertinente. Une fois encore, sur le papier les plans étaient fort beaux. Il ne reste plus qu’à faire confiance à l’intelligence artificielle pour que l’immensité de ces données devienne interprétable à l’instar d’ANACRIM  (logiciel de rapprochement judiciaire à des fins d’analyse criminelle). Et ce d’autant plus qu’une fois le gène identifié comme responsable (potentiel), il devient indispensable de savoir qu’elle décision prendre pour un avenir serein !

 

Vieille mais toujours jeune

mercredi, mai 31st, 2017

Âgée certes , dix mille ans …..,  mais toujours digne d’intérêt, comme en témoigne l’article, Fixing the tomato: CRISPR edits correct plant-breeding snafu (http://www.nature.com/news/fixing-the-tomato-crispr-edits-correct-plant-breeding-snafu-1.22018?WT.ec_id=NATURE-20170525&spMailingID=54132792&spUserID=MTUyNTcxOTczMTcwS0&spJobID=1164061838&spReportId=MTE2NDA2MTgzOAS2) la tomate se révèle être un sujet dont on n’hésite pas à affirmer qu’il “décoiffe”. Ne permet-elle pas en effet d’aborder de nombreux sujets et parmi ceux qui sont loin  d’être les moins importants, celui du concept de la domestication.  Car l’empreinte de l’homme sur la nature est moins que récente et si, aujourd’hui, on se focalise surtout sur une accélération, cette dernière ne se limite pas aux seuls effets délétères qui lui sont imputés. Ainsi donc la tomate contemporaine (Solanum lycopersicum L) apparue sous le soleil des Andes aurait été domestiquée à partir d’ancêtres beaucoup plus anciens que l’on ferait remonter à cinquante millions d’années lorsque le Gondwana amorce son morcellement durant le Jurassique supérieur. Domestiquer (domus : maison) c’est apprivoiser mais dans un but de modification transmissible de la matière vivante en général pour répondre à des besoins spécifiques de l’humain d’où une dimmension d’ordre téléonomique qui ne peut être ignorée. Le cas de la tomate est en lui même remarquable (mirabile visu). En effet elle figure parmi les espèces les mieux connues en agriculture et le séquençage de son génome, ainsi que celui de son ancêtre, a été parfaitement établi (2012).  Ce qui est captivant c’est que l’on peut comme dans le domaine de l’archéologie, retracer le passé de la tomate par comparaison génomique (L’histoire ancestrale des tomates modernes, http://presse.inra.fr/Communiques-de-presse/L-histoire-ancestrale-des-tomates-modernes). Mais après tant de modifications dont chaque étape s’inscrit dans un but d’amélioration, on pourrait bien buter sur une difficulté inattendue : deux gènes impliqués dans les processus d’amélioration deviennent délétères lorsque combinés. “Bizarre, vous avez dit bizarre mon cousin ?”  C’est méconnaitre mais  pour le retrouver, ce travail que la nature accomplit depuis quelques millions d’années et qu’il est bon de se remémorer au seuil du tanshumanisme. Certaines associations sont bel et bien vouées à l’échec.  En un mot et un seul, on peut faire beaucoup mais peut-être pas n’importe quoi ….

 

Bonnes nouvelles

mardi, juin 14th, 2016

71575186Après l’ère de l’anthropométrie et ses deux domaines de prédilection, criminologie et eugénisme, voici venue l’ère de la génomique dont on espère vivement qu’elle n’empruntera pas le second. Mais, dans cette optique, il ne faut pas douter que le chemin sera vraisemblablement escarpé. Quand on se souvient qu’avant 1983, la banque de sperme de Graham (généticien/homme d’affaire) se targuait d’avoir 19 donneurs récurrents qualifiés comme génies, on est parfaitement en droit de s’intéresser aux rapports que l’on peut établir entre le projet génome humain mis en place en 1990, dont les premiers résultats ont été obtenus en 2003, et le devenir de l’humanité. Pourtant il est des articles qui pourraient réconforter lorsqu’ils tendent à valider l’ancien adage selon lequel “l’argent ne fait pas le bonheur” (Genetic test predicts your success in life, but not happiness, https://www.newscientist.com/article/2092757-genetic-test-predicts-your-success-in-life-but-not-happiness/?cmpid=NLC%7CNSNS%7C2016-0906-newGLOBAL&utm_medium=NLC&utm_source=NSNS). S’il ne s’agit pas exactement de démontrer qu’il n’existe pas de gènes du bonheur, il est clair que les gènes d’un succès sociétal ne portent pas en eux ceux du bonheur, sentiment de satisfaction durable, d’équilibre parfait à la fois en soi mais aussi entre soi et les autres. Parmi les autres informations on retiendra également  une nouvelle qui n’en est pas une : l’importance du milieu, ce dont on ne doutait plus vraiment avec sa double face, bénéfique et délétère, et son intime intrication avec la génomique. En fait il ne s’agit ni plus ni moins que d’un nouvel article à porter au dossier dévolu au principe de causalité !

Un petit air “d’âge de glace”

jeudi, mai 7th, 2015

521410A l’heure où le réchauffement climatique participe de l’heuristique de la peur, sans que l’on sache vraiment si la responsabilisation est au bout de chemin, une pause s’impose. Le mammouth laineux peut-être (ou peut-être pas) futur personnage d’un énième  Jurassic Parc en gestation est là pour parler de sa descendance (Mammoth genomes provide recipe for creating Arctic éléphants, http://www.nature.com/news/mammoth-genomes-provide-recipe-for-creating-arctic-elephants-1.17462?WT.ec_id=NATURE-20150507). Ainsi, si le futur reste l’inconnu majeur, le passé est en passe de devenir de plus en plus présent. Néanmoins la question se pose : est-il nécessaire pour mieux connaître ce dit passé, de le vivre en testant ce qui peut s’apparenter à une “recréation” ? Quelques soient les convictions affichées, on peut affirmer que l’homme n’est pas responsable de la création. Or ses avancées techniques le mettent “en capacité” (…..)  aujourd’hui de recréer pour partie ce monde, ce qui lui permettrait d’encore mieux d’asseoir ses racines. On peut proposer comme une raison valable l’amélioration de la survie d’un animal actuel dans des conditions extrêmes, mais le doute subsiste : cette raison n’est-elle pas un prétexte pour jouer à ce demiurge dont parlent toutes les cosmogonies ?