Essais de phase I/II/III/IV, biais de recrutement, échantillonnage, tous termes dont la signification est lourde de conséquences au sein des équipes médicales impliquées dans le domaine des essais cliniques. L’échantillonnage est la première étape de toute étude clinique, expérimentale, épidémiologique et il est par ailleurs de bon ton de savoir combien d’individus doivent être recrutés et dans quelles conditions, pour utiliser les tests statistiques même les plus simples. Aujourd’hui il se pourrait bien que l’on revienne sans scrupules sur des notions devenues obsolètes pour cause d’avancées techniques en particulier dans le domaine de la génomique (Clinical Matchmaker, http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/43062/title/Clinical-Matchmaker/). Ainsi lorsque les résultats d’un essai clinique s’avèrent décevants, mettant en péril l’utilisation de la substance testée, faut-il se rapprocher de l’idée que la génomique signe l’individu unique conduisant à une nouvelle façon d’opérer, l’essai adaptatif, défini comme suit : modifier éventuellement certains aspects, sans compromettre la validité et l’intégrité de l’essai (Les méthodes adaptatives : quand et comment les utiliser dans les essais cliniques http://www.journal-therapie.org/articles/therapie/pdf/2011/04/th111988.pdf). Il ne s’agit en aucune façon d’une simplification , bien au contraire, et ce procédé nécessite le recours à des organismes de réglementation. Il n’en reste pas moins vrai que c’est la biologie qui redonne à chacun la place d’être à part entière. Après avoir défini une maladie par des signes communs au plus grand nombre, le bon sens commun s’explique enfin : pourquoi lui n’a-t-il pas réagit comme l’autre ? Tout simplement parce que lui n’est pas l’autre !
Archive for juin, 2015
Recrutement : de quel biais parle-t-on ?
mardi, juin 30th, 2015Tous propriétaires
vendredi, juin 26th, 2015
Il ne s’agit pas de la revendication d’anciens marxistes reconvertis à la société libérale de consommation, mais d’une façon d’envisager la propriété intellectuelle des chercheurs d’aujourd’hui. Est propriétaire celui qui possède un bien (un animal ..). Au plan juridique “la propriété “est le droit de jouir et disposer des choses de la manière la plus absolue ” (article 544 du Code civil). Quant à la propriété intellectuelle, elle concerne “l’ensemble des droits exclusifs accordés sur des créations intellectuelles” mais ce sont “l’œuvre résultante, et sa forme, qui sont protégées, non les idées et les informations qui en sont à l’origine, et qui restent libres”. Quel est donc cet appel lancé par Nature genetics (No impact without data access, http://www.nature.com/ng/journal/v47/n7/full/ng.3351.html?WT.ec_id=NG-201507) ? Permettre à tous les chercheurs, appartenant au cercle du dit journal, l’accès aux banques de données se rapportant aux sujets publiés. Il est vrai qu’à l’heure où le temps réel est devenu la route qu’emprunte la communication, il serait particulièrement coercitif d’en interdire l’accès aux scientifiques quand tous les autres domaines, dont les plus futiles, en bénéficient ! Par ailleurs, idées et informations sont libres , et de nombreux exemples montrent que les découvertes simultanées sont légions quand on ne communique pas, d’où des retards peut-être, des controverses à coup sur, voire celle qui à opposé Einstein et Poincaré quant à la paternité sur la théorie de la relativité restreinte. Or ce qui est bien plus intéressant c’est de constater que la pensée qui précède l’acte est inscrite dans une communauté intellectuelle que se partage l’humanité. Dans ces conditions, le partage d’articles ou de références, n’en est que la matérialité !
Elucubration ?
mardi, juin 23rd, 2015
Si le chanteur Antoine les a mises en musique jusqu’où peuvent aller les élucubrations de certains chercheurs/scientifiques ? Suffit-il de faire des constatations à un instant t, à propos d’une population puis de les plaquer sur une conduite sociétale de la dite population pour en tirer des informations d’ordre téléologique ? L’obsession explicative n’autorise pas tous les débordements. Des vérifications sont nécessaires et Popper n’avait pas nécessairement tort quand il traitait de la connaissance objective : la meilleure des théories est celle qui à la fois est “ … la mieux testable et la mieux testée…” ce qui ressemble fort au sentiment de Poincaré selon qui “… toute explication invérifiable est par la même irréfutable …”. Pour en débattre il n’est pas inutile de lire l’article Touchy Feely (http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/43014/title/Touchy-Feely/) que l’on pourrait résumer par : le microbiome fait la société d’où on pourrait en tirer le concept de microbiome sociétal ! Et pour aller toujours plus loin, pourquoi ne pas en tirer la conclusion que les contacts physiques entre individus ont pour rôle de structurer la société sur la base d’un échange de germes ! La prochaine étape devrait logiquement être de rechercher quelle est la démarche qui sous tend cet échange. En d’autres termes, il ne reste plus qu’à savoir pourquoi vouloir échanger son microbiome avec tel individu !
Interprétation
lundi, juin 22nd, 2015
On peut, encore une fois, se poser la question de savoir comment nos ancêtres auraient pu avoir connaissance des résultats d’une enquête récente (18 juin 2015, A Periodic Diet that Mimics Fasting Promotes Multi-System Regeneration, Enhanced Cognitive Performance, and Healthspan, http://www.cell.com/cell-metabolism/fulltext/S1550-4131(15)00224-7) résumée dans l’article, Periodic Fasting Improves Rodent Health (http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/43344/title/Periodic-Fasting-Improves-Rodent-Health/) dont le titre n’est peut-être pas, au premier regard, alléchant “Le jeûne périodique améliore la santé des rongeurs“. Il existe en effet dans la tradition des trois religions monothéistes, des recommandations (certes plus ou moins suivies) de périodes plus impératives que recommandées de jeûne. Plus ou moins longues dans leur durée, plus ou moins fréquentes dans leur périodicité, elles ponctuent la vie des fidèles selon un calendrier qui se répète au fil de sa vie. Si ce jeûne est plus en rapport avec la spiritualité et la recherche d’une communion avec Dieu, le jeûne à visée médicale était connu depuis l’antiquité : il s’imposait quand aucun traitement n’était efficace. Or qu’apprend-on aujourd’hui, qu’une restriction calorique réduit chaque mois les biomarqueurs de vieillissement et de certaines affections. L’échantillonnage est certes de petite taille, mais les résultats sont intéressants. A l’heure où les programmes de diététique fleurissent (en dehors de l’arrivée de la période estivale …) quand l’obésité est devenue un problème de société, deux possibilités pourraient être envisagées : que les croyants respectent les règles du jeûne édictées (chacun dans sa religion), trouver enfin les moyens de permettre à tous de manger correctement quand une nutrition équilibrée n’est pas encore le propre de tous!
Quelle heure est-il ?
jeudi, juin 18th, 2015
Qui aurait l’idée de demander l’heure à une bactérie ? Aujourd’hui, pourtant, une horloge interne peut être mise en place chez E. Coli (Circadian Clock Transplant, http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/43248/title/Circadian-Clock-Transplant/). Le mot à retenir est “interne” signifiant par là que ce temps est le temps propre à l’organisme considéré, mais inscrit dans sa machinerie, d’où la rythmicité d’une action qui lui est propre. Il n’est pas question de conscience, c’est l’évidence, il n’en existe pas moins par ce recommencement d’une action à intervalles réguliers ou non, l’inscription d’une durée, qui est l’intervalle entre deux évènements consécutifs chez un organisme vivant, mais fini, puisque destiné à disparaitre. Ce recommencement qui n’existe que par cet intervalle, est consubstantiel à l’organisme considéré. Cette horloge déjà connue chez les cyanobactéries peut être apprise à d’autres, E Coli, dans le cas présent. Et last mais peut être pas least, il est possible d’agir sur le devenir naturel de ce rythme en supprimant son épuisement. Ce temps qui n’existe que parce qu’il y a un avant et un après évènement, est propre à chacun. Ainsi pourrait-on parler d’un micro-temps, inscrit dans un temps autre, parce que son échelle est différente, un macro-temps, lui-même inscrit dans un troisième, un méga-temps ….. d’où vient cette perception que le temps n’est pas univoque. Les horloges sont multiples chacune définie par l’évènement qui se répète ou disparaît. Le temps est évènement.
Quantité = Partage
lundi, juin 15th, 2015
“Dis moi ce que tu fais de tes résultats, je te dirai qui tu fréquentes” semble être le lien entre ces deux articles parus simultanément dans deux revues différentes , Turning Data into Discovery (http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/43021/title/Turning-Data-into-Discovery/) et Funders must encourage scientists to share (http://www.nature.com/news/funders-must-encourage-scientists-to-share-1.17718?WT.ec_id=NATURE-20150611). Premier constat d’une aveuglante évidence : les données obtenues dans les différents domaines de la recherche scientifique ( ceux dont il est question, mais pas seulement ), s’accumulent posant une première question “que faut-il en faire” ? Un mauvais esprit n’ayant que de mauvaises pensées imaginerait sans peine que partage est synonyme d’appauvrissement : ” ce que je donne, je ne l’ai plus” ! Mais ce n’est pas le but du jeu, puisqu’il s’agit au contraire de mettre en place un vrai et grand tissu dont la trame et la chaine sont chercheurs et leurs résultats, tissu dont l’étendue serait telle qu’il ferait du monde scientifique comme de l’univers un ensemble en expansion pour le plus grand bien de tous. Thésauriser, c’est bien mais analyser c’est mieux encore et quand on est seul, le travail s’apparente à celui du pauvre Sisyphe, pire même que de remettre cent fois sur le métier son ouvrage ! Mais pour analyser, il faut des analyseurs compétents, c’est là qu’interviennent des processus plus complexes comme la protection des données, ce qui sous entend un accès à ces données selon un processus défini qui ne doit pas être laissé au bon vouloir des différentes équipes. Il faut pour terminer mettre en place une interdisciplinarité qui ne soit pas de pacotille, chewing-gum a dit un homme politique français , il y a peu de temps encore. Donc chacun profitera au mieux des données des autres à condition que se fasse l’acceptation des autres à la fois en tant qu’individualité et en tant que tout.
What else !
dimanche, juin 14th, 2015
Nouveauté : qualité de ce qui est nouveau (Littré, Dictionnaire de la langue française, Tome 5, p 828, Gallimard/Hachette, 1968), Nouveau : ce qui est ou apparaît pour la première fois (Idem, p 825) ! Ainsi existe-t-il deux domaines de nouveautés inscrites l’une dans le passé, l’autre dans le présent. En ce qui concerne le passé, on mettra de nouveau à l’affiche les sauropsides, parmi lesquels celui que l’on pourrait appeler le “hellboy” des dinosaures (référence au héros de Guillermo del Toro) Spiky-Headed Dino Discovered (http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/43191/title/Spiky-Headed-Dino-Discovered/), probablement peu de temps avant leur disparition lors de la crise du crétacé-tertiaire, il y a soixante millions d’années. En accord avec la sortie de Jurassic World, ce sont éléments figurés du sang et fibres collagènes qui ont pu être recueillis et étudiés à partir d’os fossilisés d’autres dinosaures, mais contemporains des précédents, Soft Tissue Detected in Millennia-Old Dino Bones et Dinosaur blood cells extracted from 75-million-year-old fossil (http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/43204/title/Soft-Tissue-Detected-in-Millennia-Old-Dino-Bones/) (http://www.newscientist.com/article/dn27687?cmpid=NLC|NSNS|2015-1106-GLOBAL&utm_medium=NLC&utm_source=NSNS#.VX1p0V0VhYc). Pour le présent, un poisson très mal connu, mais dont un représentant s’était échoué, il y a déjà deux courtes années sur les plages de Californie (Oarfish’s misfortune is scientists’ boon, http://www.nature.com/news/oarfish-s-misfortune-is-scientists-boon-1.14040) mais qui reste d’actualité parce qu’énigmatique, Image of the Day: Stranded Oarfish (http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/43190/title/Image-of-the-Day–Stranded-Oarfish/). Cet animal, dit poisson ruban, appartient à la famille des Regalecidés. L’habitat de ce poisson pélagique peut atteindre mille mètres de profondeur, d’où quelques difficultés d’observation. Il est amusant de relever que c’est un robot qui a pu filmer celui qui serait à l’origine du mythe du serpent de mer. Encore des exemples (parmi tant d’autres) qui confirment, s’il en était besoin, que le passé reste obscur, et que le présent n’est pas si présent que cela !
On s’en rapproche ou pas encore ?
mercredi, juin 10th, 2015
Toujours plus loin sans jamais être réellement plus près, ce que l’on pourrait encore exprimer par : où, quand, comment en excluant le pourquoi (véritable autre étape du questionnement) le but ultime a été, est et restera de trouver les origines de la vie (sur terre). D’une incomparable richesse par l’immensité des domaines qu’elle embrasse, cette recherche pourrait aussi permettre en fonction du chemin qu’elle emprunte ouvrir les champ d ‘une interdisciplinarité, terme particulièrement en vogue par les temps qui courent. Si l’on ne sait pas exactement ce que ce terme recouvre, il a le mérite d’évoquer une mise en commun des connaissances de tous qui ne peut qu’être bénéfique à chacun. C’est un peu dans ce sens que ce termine, mais de façon non conclusive, le long article, The Living Set (http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/43082/title/The-Living-Set/). Mais pour en arriver à cette mise en commun de domaines aussi différents que l’origine de la vie, l’écologie, l’économie aussi bien que les sciences cognitives et sociales, la construction requiert plusieurs étapes : la première, un principe simple (connu du lycéen moyen des années 60), la catalyse (un catalyseur est une molécule qui accélère la vitesse à laquelle une réaction chimique se produit sans être utilisée dans la dite réaction) en est le pivot central, la deuxième étape, partir du principe qu’un système vivant peut être défini comme un réseau de réactions chimiques fonctionnellement clos et autonome, enfin passer de la catalyse à l’autocatalyse. Progressivement les critiques à propos des systèmes autocatalytiques s’amenuisent et ce modèle devient pertinent. Si la démarche est complexe a suivre pour un non spécialiste des modèles mathématique et des algorithmes, il n’est pas inintéressant de considérer que les systèmes autoctalytiques de grande taille résultent de systèmes autoctalytiques de plus petite taille dont le premier est dit irréductible. Si la démarche est exacte, alors pourquoi ne pas envisager qu'”un écosystème, [c’est à dire] un réseau d’organismes interdépendants, puisse être considéré comme un sur-ensemble autocatalytique de sous-ensembles autocatalytiques … ? D’où l’application à des écosystèmes différents comme l’écologie, l’économie etc. Les possibilités sont énormes, mais pas en ce qui concerne la première question “quid de la cause première ?”
Après l’école
dimanche, juin 7th, 2015
Nombreux sont ceux qui se posent la question de savoir à quoi servent certains domaines que l’enseignement imposait il y a encore quelques temps. Mais il s’agit là, d’un temps que les moins de vingt ans ne peuvent pas connaître, et c’est sans doute la raison pour laquelle il semblerait mieux aujourd’hui de proposer plutôt que d’imposer. A quoi, en effet, les tableaux de conversion pourraient-ils bien servir ? Pourtant toute apprentie cuisinière est la première à apprécier de savoir comment transformer des centilitres en décimètres cubes (par exemple !), faute de quoi la recette risque de ne pas correspondre à l’attente. Il en est de même avec la vieille règle de trois, sans laquelle il est difficile voire impossible de passer d’une recette pour quatre personnes à la même pour six. Petits exemples, petits effets mais ils sont une première réponse à la question à quoi cela servira t-il plus tard ? De plus grands exemples pour de plus grands effets ? Une connaissance des grands mythes grecs (en particulier) est toute aussi utile que celle des contes de fées, les uns comme les autres étant régulièrement revisités par la littérature, l’art cinématographique et aujourd’hui les jeux qu’ils s’adressent aux enfants, aux adolescents ou aux adultes. Il n’est jamais inutile de comprendre le pourquoi du comment. Ce qui pourrait paraître étonnant, mais il s’agit d’une enquête réalisée au Royaume Uni, c’est que le grand public garderait pour une part non négligeable, une bonne idée de l’enseignement scolaire et en particulier de celui de la chimie (Take concepts of chemistry out of the classroom, http://www.nature.com/news/take-concepts-of-chemistry-out-of-the-classroom-1.17691). Il s’agit en réalité, par le biais de quelques exemples vulgaires, d’approfondir le(s) rapport(s) qu’entretient la théorie et la pratique, on pourrait même dire aujourd’hui, le virtuel et la réalité. C’est exactement ce qu’exprime l’expression à quoi cela servira t-il plus tard, comme s’il ne pouvait pas exister de connexion entre deux mondes qui s’excluent mutuellement, conception vs réalisation. Tant qu’à faire de participer à la polémique, pourquoi ne pas opter pour l’épistémologie à l’école, parler enfin de la connaissance !
Il faut le voir pour y croire
samedi, juin 6th, 2015
A moins que ce ne soit ” Il faut y croire pour le voir”, les illusions d’optique telles que présentées dans, Seeing Isn’t Believing (http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/43036/title/Seeing-Isn-t-Believing/) pourraient correspondre parfaitement à ce qu’un bon illusionniste aime à proposer à ses spectateurs. Ce sens abusé est en fait un moyen fort intéressant de se pencher sur le problème de l’évolution de la vision, sens communément partagé par tous les êtres vivants, et qui participe principalement à la survivance des espèces. Ainsi est-il possible de transformer l’aphorisme ” … tout le monde parle, c’est une évidence …” en ” … tout le monde voit, c’est une évidence …” mais en le complétant par ” …mais ce n’est pas nécessairement l’expression de la réalité …” Bien entendu, c’est cette dernière affirmation qui peut poser problème surtout quand on oppose le sensible à l’intelligible ! Contrairement à la perception des couleurs qui n’est pas partagée par la grande majorité des êtres vivants, la perception du mouvement l’est avec une mention particulière pour la rapidité du dit mouvement. Entrent également en ligne de compte, les couleurs à la fois de l’objet qui se déplace et du fond sur lequel il se déplace. Mais ce qui est peut être le plus extraordinaire c’est la part d’interprétation qui revient au cerveau devant l’image. Non pas comparable aux systèmes informatiques mais modèles de ces derniers, il est capable d’interpréter pour la transformer, une perception visuelle pour qu’elle corresponde à ce qui, statistiquement, est le plus vraisemblable dans la mesure où il l’a déjà expérimenté ! Il est vivement conseillé de lire l’article ci dessus sans omettre les tests visuels proposés, une première fois avant le texte, et une seconde fois, après !
