Le concept de « biome » du à Frédéric Edward Clements, est probablement mieux connu des géographes plus ou moins écologistes que du monde civil en général. Pour les seconds il représente l’unité fondamentale, pour les premiers il s’agit « d’un écosystème présentant des similarités importantes au niveau climatique et au niveau des espèces hébergées. Il et nommé par rapport à la végétation qui y prédomine. Il correspond à une zone climatique précise. » C’est la raison pour laquelle on décrit plusieurs biomes terrestres. Cette macro-vison aurait été incomplète si on ne lui avait pas adjoint une micro-vision appliquée au monde microbien, ce qui a fait d’écrire un microbiome et un nécrobiome. Chacun d’entre eux correspond à un univers bien particulier. Ainsi le microbiome ou microbiote était connu depuis longtemps sous le nom de flore intestinale, le microbiote cutané lui a été adjoint, et tous deux sont considérés comme une réelle signature individuelle qui a pu être comparée aux empreintes digitales. Le nécrobiome vient de faire son apparition (The Necrobiome, http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/38946/title/The-Necrobiome/). Pas encore décrit sous ce terme dans les séries policières où n’importe quel enquêteur l’utilise pour connaitre la date et le lieu de la mort du sujet, il représente lui aussi une véritable signature dans la mesure où il correspond à un univers spécifique. Il est possible que tous les biomes existants n’aient pas encore été décrits, mais il est amusant de constater que l’homme n’en finit pas d’essayer de se situer. Après avoir perdu ses illusions quant à sa position centrale dans l’univers céleste, il tente de devenir le point central d’autres univers plus petits certes, mais qui auraient pour rôle de lui permettre de se réapproprier sa qualité d’être unique.
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Pourquoi les biomes ?
lundi, mars 3rd, 2014Pourquoi pas elles ?
dimanche, mars 2nd, 2014
Pour éliminer le fixisme puis proposer une alternative au finalisme ou au divin, Jean Baptiste de Lamarck imagina le transformisme, puis Charles Darwin, la sélection naturelle. Dans la mesure où l’homme imite la nature et puisqu’il pratique déjà depuis les âges les plus anciens un certain type de sélection, pourquoi la nature n’en aurait-elle pas fait de même permettant au meilleur de gagner sur le long terme ? Dans cette optique le raisonnement se doit d’être appliqué aussi bien au plus petit qu’au plus grand et donc en ce qui concerne les plus petits pourquoi ne pas aller voir ce qui se passe du côté des bactéries (Self-Improvement Through the Ages, http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/38943/title/Self-Improvement-Through-the-Ages/) ? L’intérêt en est d’autant plus grand qu’il est facile d’obtenir un nombre immensément grand de générations en peu de temps, qu’il est possible d’en conserver certaines, de les ranimer, d’en modifier facilement l’environnement en changeant les milieux qu’ils soient plus simples ou plus sophistiqués. Comment ne pas s’imaginer en deus ex machina quand on peut mettre en scène des individus sur cinquante mille générations, ressusciter leur passé, les projeter dans un avenir qu’aucun d’entre eux n’auraient du affronter, et mettre à jour ce devenir incertain ! Il ne s’agit bien sur que de bactéries, mais cette étude permet de vérifier l’existence d’une relation entre la survenue de l’adaptation et le moment où survient la modification de l’environnement. Elle permet également de vérifier qu’il ne semble pas exister de fin à ce processus d’adaptation. Gageons que l’analogie à l’espèce humaine ne tardera pas à être tentée !
Quand faut-il y croire ?
jeudi, février 27th, 2014
« C’est un dimanche de mars 1910 qu’ayant eu l’idée de piquer des œufs de grenouille avec un stylet de verre, il fit l’une des plus belles découvertes de la biologie contemporaine. »(Notice sur la vie et les travaux de Eugène BATAILLON, http://www.academie-sciences.fr/activite/archive/dossiers/eloges/bataillon_notice.pdf). Si la lecture de cette notice écrite par le secrétaire perpétuel de l’Académie des Sciences en hommage à Eugène Bataillon lors de la séance du 13 décembre 1954 semble un peu romancée, elle n’en reste pas moins instructive quant aux travaux du cher disparu. Dans le cadre de la parthénogenèse expérimentale, de nombreux essais avaient été réalisés dont certains avaient servi de modèle à Bataillon lui-même. Pourtant cette piqûre devait se révéler féconde puisque sans le savoir, il venait de réaliser la première expérience de clonage jamais faite et réussie à cette époque. Ce qui lui permis comme il le disait lui-même, de sortir du domaine de la parthénogenèse abortive Quelle fut alors l’attitude de ses confrères/collègues lorsqu’il leur présenta des travaux qui représentaient neuf années de sa vie de chercheur ? Il publiait peu parait-il et passait plutôt pour un solitaire. Aujourd’hui le monde scientifique s’interroge dés qu’il ne peut pas reproduire des expériences rapportées dans une publication ? (Stress-Induced Stem Cell Method, http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/39211/title/Stress-Induced-Stem-Cell-Method-Questioned/). Quelles pourraient être les différences en terme de reproductibilité entre les expériences de 1910 et celles de 2014 ? Est-ce parce que les vieux cahiers d’expérience ont laissé place à l’informatique, est-ce parce que les moyens techniques se sont améliorés, est-ce parce que plus nombreux sont ceux qui abordent le même sujet, est-ce parce que les informations circulent en temps réel, est-ce parce que la presse scientifique se fait régulièrement l’écho de résultats falsifiés que la suspicion n’en finit pas de gravir des échelons ? On se perd en conjectures !
L’homme, le chien et la machine
dimanche, février 23rd, 2014
Imaging the canine Brain (http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/39228/title/Imaging-the-Canine-Brain/ ). Soit un homme et un/son chien. Il importe peu du reste qu’il s’agisse du sien ou d’un autre. Le chien occupe un statut particulier dans l’environnement humain. Il est vrai que ses débuts sur la scène sociétale furent relativement difficiles puisqu’il fut d’abord assimilé à une machine. Pavlov en fit, probablement contre son gré, un autre type de machine, la machine à réflexes ! Encore est-il bon de rappeler que la finalité concernait l’étude de réflexes humains. Il est néanmoins établi depuis longtemps/toujours que le chien est devenu le fidèle ami de l’homme après que ce dernier eût domestiqué un ancêtre lointain du genre loup. Avec plus ou moins de facilité, l’homme parvient en effet à se faire obéir de son compagnon qui accomplit pour lui des tâches qui peuvent être particulièrement complexes. C’est alors que l’homme se pose cette question essentielle : » Mon chien se pose-t-il des questions à mon propos ? « Comment résoudre ce problème ? En apprenant au chien un nouveau tour qui le rapprochera un peu plus encore de l’univers de son maitre, puisque il ne s’agit ni plus ni moins que de le soumettre à un examen auquel il arrive également à son maître de se soumettre, une étude IRM fonctionnelle. La seule difficulté consiste à garder son calme, ne pas bouger dans l’enceinte de la machine. Aucune difficulté pour le chien, alors qu’il arrive à certains maîtres de ne pouvoir le faire. Jusqu’à dix minutes d´un calme olympien permettent la réalisation de l’examen. En réalité il ne s’agit que de comparer des aires auditives et leurs réponses à des stimulations dans le même domaine. Mais on a encore le droit de rêver ?
Pas de compétition anodine !
jeudi, février 20th, 2014
Les interleukines (IL) naissent en 1979 et leur appellation vient du rôle de communication entre les leucocytes qui leur est attribué alors. Aujourd’hui, il en a été recensé au moins vingt trois. Elles partagent la grande famille des cytokines avec l’Interféron et la famille du TNF. Leurs rôles se sont diversifiés, pro-inflammatoire, anti-inflammatoire, facteur de croissance. L’IL 22 fait partie de la famille des interleukines 10, et s’inscrit dans le cadre des processus anti-inflammatoires. Pourtant au niveau de l’appareil digestif son effet peut être plus délétère que positif (Immune Response Promotes Infection, http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/39096/title/Immune-Response-Promotes-Infection/). En témoignent la comparaison entre des lignées de souris IL-22+/+ et des lignées de souris IL-22 -/- qui met en évidence l’exploitation de la réponse immunitaire initiée par la Salmonella enterica dans le but de promouvoir sa propre prolifération. Après que PASTEUR eût, avec quelque difficulté, réfuté la théorie de la génération spontanée, c’est la théorie des germes qui a prévalu avec plus tard la distinction qui a été faite entre bons et mauvais germes. On a même pu avancer la théorie selon laquelle un germe ne pouvait pas tuer son hôte puisqu’il alors se condamnerait lui-même. Cette finalité curieuse peut parfaitement faire partie des arguments invoqués par tous les détracteurs des vaccinations, ou de l’antibiothérapie en général. C’est la raison pour laquelle, il serait bon d’expliquer combien les effets et leurs causes sont polysémiques et que la simplicité n’est pas de ce monde d’où sa richesse.
Patient et Consommateur
dimanche, février 16th, 2014
Pas encore de certitude absolue sur ce que le Nouveau Monde doit à l’Ancien (First Ancient North American Genome Sequenced, http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/39153/title/First-Ancient-North-American-Genome-Sequenced/), pas encore de certitude absolue sur ce que tout l’Ancien Monde doit au Nouveau. Ce que l’on sait par contre c’est que ce dernier prend un malin plaisir à faire traverser l’océan qui les sépare par un certain nombre d’innovations. Après un temps plus ou moins long, celles-ci pénètrent le vieux continent et la dernière en date (pas encore implantée) semble s’inscrire dans un domaine qui pourrait ressembler à celui que l’on a qualifié de Big Brother (23andMe and the FDA, http://www.nejm.org/doi/full/10.1056/NEJMp1316367?query=TOC). Que l’on en juge. Une entreprise privée de séquençage s’offre une fenêtre publicitaire pour inviter ceux qui les regardent à recourir à leurs services dans le but d’établir ce qui pourrait s’apparenter à un profil médical personnalisé, plus proche de la réalité que celui qu’une boule de cristal pourrait offrir. Il pourrait s’agir d’un réel bouleversement dans la mesure où la vie privée et la vie publique s’interpénètreraient totalement au lieu de simplement se côtoyer. Les questions soulevées sont innombrables. Que devient l´individu-citoyen, quelle part revient à l’état, qu’est-ce qu’un patient-consommateur, qu’est-ce qu’un avis médical sans médecin, qu’est-ce qu’un consentement éclairé , qu’est-ce qu’une vie publique, qu’est-ce qu’une vie privée ? Aujourd’hui la FDA semble avoir interrompu la réalisation de ce projet ( mis un frein à ?). Quelles seront les garanties auxquelles elle pourra prétendre et qu’elle obtiendra réellement ? et sans avoir épuisé le sujet, la vie sera-t-elle meilleure ?
Débattre, ne pas débattre, telle est la question
mercredi, février 12th, 2014
Ici et ailleurs, deux grands débats se sont invités dans la société par le biais de médias plus ou moins bien informés : théorie du créationnisme et théorie du genre. En provenance du Grand Ouest au regard de la vieille Europe, l’un et l’autre agitent la société à des niveaux différents. On peut l’entendre comme on peut l’écouter, et selon les possibilités de l’auditoire concerné l’impact peut en être totalement différent. Voici un exemple récent d’une étude qui pointe du doigt une différence en terme de réponse au traitement du diabète de type 2 (Diabetes drugs affect hearts of men, women differently, http://www.sciencedaily.com/releases/2013/12/131212123321.htm). Alors même que les résultats de la glycémie sont identiques pour les deux sexes, l’étude plus fine du métabolisme cardiaque montre qu’il existe bel et bien une différence. Aujourd’hui, ne faudrait-il pas, pour être politiquement correct, que ce type d’étude soit conduit en parallèle avec la même étude en fonction des genres. Car on imagine très bien cette sévère critique lors de la présentation de l’article sus cité. On conçoit donc la raison pour laquelle on en arrive à l’idée qu’il faudrait refuser tout débat comme des auteurs peuvent le préconiser dans cet autre domaine, celui du créationnisme (Opinion: Confronting Creationism, http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/39118/title/Opinion–Confronting-Creationism/). En fait il se pourrait bien que ces deux débats mettent en présence pour chacun d’entre eux, des domaines si différents qu’ils en deviennent réfractaires à toute comparaison, ne savait-on pas, comme il y a quelques décennies, que l’on ne peut pas additionner des pommes et des poires. La science est un domaine où l’hypothèse mène a une construction dont la finalité est la démonstration à l’inverse de la croyance dont la base est le dogme d’où la démonstration est totalement exclue. Il serait certainement préférable d’expliquer ces deux façons d’appréhender le monde et la société pour que ces débats ne soient pas marqués du sceau de la stérilité.
Atlas : celui qui porte
mardi, février 11th, 2014
Le premier d’entre eux, fut évidemment le titan condamné, après avoir été vaincu par Zeus, à porter pour l’éternité la voûte céleste sur ses épaules, il n’a du reste bénéficié que d’un court répit quand Héraclès le déchargea de son fardeau.Mais c’est aussi bien sur, la première des vertèbres cervicales, ainsi que de nombreuses formes de porteurs de savoir, dont les plus connus (parceque les plus anciens ?) les atlas de géographie.Restent enfin des éditions du même nom ce qui a pour rôle de montrer à tous combien est étendu leur domaine. Dans le cas présent il s’agit d’un nouvel atlas : A Catalog of Cancer Genes That’s Done, or Just a Start, (http://www.nytimes.com/2014/02/07/science/a-catalog-of-cancer-genes-thats-done-or-just-a-start.html?emc=eta1&_r=0). L’homme classe depuis toujours, accumulant tous les modes de rangement possibles, en tiroirs, en casiers, en atlas. Le rangement, c’est pratique, ça permet à l’observateur de s’y retrouver. Bien sur les divers classements n’ont d’intérêt que dans la mesure où le classificateur a laissé ouvertes suffisamment de portes pour ne pas être obligé de tout recommencer en fonction des progrès de la technique. Dans le domaine médical il n’est pas inutile là encore de répertorier, c’est du reste ce qui se fait depuis des millénaires, et tous ces classements accumulés ont eu leur utilité. A la classification, la médecine a ajouté les probabilités depuis déjà le XIX° siècle (Principes généraux de statistique médiale, Gavarret) ce qui de façon inattendue permet d’orienter avec plus de précision les possibles d’un diagnostic. Le recensement des gènes impliqués dans les phénomènes de carcinogenèse reste encore largement ouvert, car certaines pathologies étant fort rares le/les responsable(s) peuvent se cacher encore pour longtemps. Et c’est alors que se pose LA QUESTION : rapport entre coût et bénéfice de l’opération si on imagine une suite. Qui prendra le risque d’une réponse fermée ?
Hier, aujourd’hui, demain
dimanche, février 9th, 2014
Deux articles parus presque simultanément offrent un voyage médical dans le temps. Il ne s’agit pas exactement d’un à la manière de A la recherche du temps perdu, plutôt d’une réflexion sur le passé et le présent de cette affection qui pu être qualifiée de mal français (!!!) (Syphilis: Then and Now, http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/38985/title/Syphilis–Then-and-Now/) ainsi que du présent et du futur des conséquences plus récentes du tabagisme passif dit de troisième main (Third-hand Smoke Shown to Cause Health Problems, http://ucrtoday.ucr.edu/20236). Quel intérêt a-t-on donc à revisiter une affection que pour certains Christophe Colomb aurait offert aux populations à venir ? Ce que vise cette étude n’est rien de moins que la possible ou l’impossible éradication des affections dont les trois sous espèces de T. pallidum sont responsables. Le résultat est consternant. Dans la mesure où un réservoir animal peut perdurer, l’éradication peut être assimilée à un voeu pieux. Pour le second exemple, une autre consternation qui vient de ce que les études antérieures étaient à l’évidence incomplètes. Depuis que l’on a défini le statut du fumeur passif, il était normal d’étendre le champ du passif au delà d´un voisinage immédiat. On avait déjà testé sur l’animal les effets délétères de l’inhalation de substances que la combustion rend plus toxiques encore, mais il est vrai sans tenir compte de l’imprégnation du milieu environnant. Il est vraisemblable que la fumée ne s’arrête pas au voisin vivant comme le nuage venu de Tchernobyl s’était vu arrêté par la frontière ! Même si l’on choisit entre ces expressions « Le temps perdu ne se rattrape plus » et » Il n’est jamais trop tard pour bien faire », la deuxième, de meilleures nouvelles auraient été les bienvenues !
Anthropomorphisme, jusqu’où ?
dimanche, février 2nd, 2014
I. Rossellini propose depuis 2008, différentes exhibitions sous le nom de Green Porno. Le Muséum d’Histoire naturelle de Londres a du reste conçu et réalisé une exposition présentée au Palais de la Découverte (Paris, Octobre 2012-Aout 2013) intitulée Bêtes de sexe. Aujourd’hui, soit cinq ans plus tard, paraît un article à son propos : Review: “Green Porno” (http://www.the-scientist.com//?articles.view/articleNo/39032/title/Review—Green-Porno-/). Peut-être ces cinq années ont-elles été utiles à la réflexion. En tout cas, il est évident que les organisateurs anglais et français n’ont pas eu la même grille de lecture à l’époque, puisque l’exposition n’était pas recommandée au moins de 16 ans à Londres tandis qu’elle était visible à partir de 10 ans à Paris. Quand il s’agit » d’explorer les innombrables stratégies développées par la faune et la flore pour assurer leur descendance » jamais les termes de perversité, obscénité, pornographie ne viendraient à l’esprit à moins que de jouer volontairement la carte de l’anthropomorphisme. Ces termes ont-il en effet droit de cité quand on explore la vie animale dans son milieu naturel ? On devrait plutôt se poser la question de savoir pourquoi l’homme éprouve le besoin de projeter sur l’animal certaines des caractéristiques de son comportement comme s’il s’agissait d’un représentation (pornographie) de ce qui choque la pudeur (obscénité). Mais surtout, pourquoi les explications sur la sexualité de certaines espèces ont-elles été mieux présentées l’année dernière par des scientifiques pédagogues responsables par la grâce d’une artiste, qu’une certaine théorie du genre (Judith Butler) pour laquelle des défenseurs, qui l’auraient comprise, semblent bien manquer !
